Забудьте о сказках про ниндзя, пора окунуться в суровую реальность.
Итак, Токио. Огромный мегаполис, манящий своими огнями. Кажется, что даже жизнь здесь не такая, как в других городах – проще, богаче. Лучше. Давно уже никак не может развеяться миф, что, стоит только сюда приехать, и жизнь обязательно наладится. Однако ни один человек в здравом уме не стал бы менять небольшой спокойный городок на шумную, яркую и чрезвычайно жестокую столицу.
Токио разрывает междоусобная война, устроенная его же жителями. Ведется она между несколькими крупными группировками, каждая из которых контролирует определенную сферу и стремится подчинить себе все остальные.

Первая из них, самая влиятельная и крупная, - Коноха. Она объединяет политику, оборонный комплекс и предприятия крупного бизнеса. Сюда входят члены администрации города, местная полиция, крупные бизнесмены, научные компании, банки, а также спецслужбы Японии, такие как, например, информационно-исследовательское бюро.
Вторая – Суна – является своего рода правой рукой Конохи, ее главным союзником и единомышленником. В ведомстве этой группировки находятся отрасли медицины, образования, культуры и туризма. Членам этого сообщества принадлежат крупнейшие отели, госпитали, частные школы и университеты. В том числе и Токийский, хотя официально он и числится государственным.
Третье сообщество – Ото – считается подпольным, потому что владеет, в основном нелегальным бизнесом: контрабанда оружия, торговля наркотиками и другими запрещенными товарами. Под их влиянием находятся почти все ночные клубы – главные точки сбыта продукции. Ото практически никак не контактирует с другими группировками, можно сказать, что это сообщество само по себе. До тех пор пока не лезут в его дела.
И, наконец, четвертая и последняя группировка некогда делилась на несколько частей – Иву, Кумо и Кири, но не так давно эти три составные объединились в одно сообщество, получившее название Кёдо, что в переводе означает «союз». В его ведомстве – мелкий и средний бизнес. Казалось бы, это весьма незначительно, однако представьте, сколько таких предприятий во всем Токио. Все вместе они составляют весьма серьезную угрозу влиянию Конохи, а потому между этими двумя группировками установились весьма прохладные, можно даже сказать враждебные отношения.
Конечно же, если ты родился в определенной семье, это не означает, что ты обязательно должен следовать по стопам своих родителей. Однако перебежчиков не особо жалуют, к тому же вернуться обратно будет весьма проблематично, если вообще возможно.
Будучи школьниками главные герои не особо задумывались о своей роли, однако уже при поступлении в университет и выборе своего факультета им пришлось брать во внимание свою принадлежность. Самый простой и разумный путь – последовать совету родителей и выбрать ту дорогу, которую они укажут. Ведь пытаться свернуться и начать вытаптывать свою тропинку может оказаться непосильной задачей.
Ко всем проблемам в городе еще и объявляется преступная организация под названием «Акацуки». На их счету уже несколько ограбленных банков и, похоже, они не собираются останавливаться на достигнутом. Все их операции проходят гладко и чисто, без единой зацепки. Они оставляют на месте преступления свой знак – кроваво-красное облако, нарисованное красной краской. Это своего рода насмешка над властями, мол, попробуйте нас поймайте. Только появившись, Акацуки подпортили уже немало крови всем сообществам, и каждое из них точит зубы на эту организацию.

До определенного момента Токио находился в состоянии своеобразной холодной войны, когда не было открытых вооруженных столкновений. Однако обстановка резко меняется после двух происшествий, перевернувших весь город с ног на голову.

Сначала 26 сентября 2012 года в собственном доме был жестоко убит Хирасава Седзи – один из самых влиятельных представителей Конохи. Вместе с ним была убита его жена и двое сыновей. На месте происшествия, на стене над кроватью, где были обнаружены трупы, ярко-красной краской было выведено красное облако.

Затем, через два дня, 28 сентября 2012 года произошел теракт в спортзале Токийского Университета, где учатся «золотые» дети Конохи и Суны. В ходе теракта трое студентов погибли, еще с десяток оказались ранены. Преступники – семеро хорошо вооруженных людей в масках – скрылись с места преступления с заложником, который позднее был обнаружен группой студентов-волонтеров за городом на трассе. Мертвым.

Все стрелки указывали на Акацуки, хотя ранее они ни разу не были настолько небрежны и кровожадны в своих преступлениях. Более того, лидер организации – Учиха Обито – к произошедшему не имел никакого отношения.
Именно поэтому 30 сентября 2012 года Обито решает провести своего рода «собеседование» с лидерами двух сообществ – Ото и Кёдо, которым было бы выгодно устраивать Конохе подобные сюрпризы. Встреча проходит на нейтральной территории – в одном из самых дорогостоящих ресторанов города, в vip-зале, где разговор не достигнет чужих ушей.
Создается впечатление, что Акацуки кто-то крупно подставляет, стравливая эту организацию с Конохой, а у Ото и Кёдо есть на то весьма разумные причины. Однако, как выясняется со слов Кёи Орочимару и Теруми Мей, ни то, ни другое сообщество никакого отношения к преступлениям не имеют. Обито, конечно же, слабо в это верит, и небольшое «собеседование» грозится перерасти в кровопролитную потасовку. Обстановку накаляет еще и тот факт, что в vip-зале появляются Конан, как представитель Яхико и Нагато, и Учиха Итачи, как представитель Конохи. Естественно, такое положение дел, когда у Акацуки явный численный перевес, не устраивает ни Мей, ни Орочимару. Официальная нейтральная беседа начинает обогащаться угрозами.
Но конфликт решается сам собой, стоит на «сцене» появиться Учихе Мадаре. Выясняется, что Акацуки раскололись на две части – одна по-прежнему оставалась под руководством Обито, вторая же подчинялась непосредственно Мадаре. И именно вторая часть стояла за обоими преступлениями, переполошившими Токио. Теперь, когда все карты раскрыты, Учиха объявляет, что его люди отделяются от организации и образовывают свою собственную под названием «Аматэрасу», с чем Обито, похоже, приходится просто смириться.
Остается вопрос – какую цель преследует Мадара? Ответ, как ни странно, весьма прост – этому человеку всего-навсего нужна война между сообществами. Если задачей Акацуки было разграбление «слишком богатых и влиятельных», то у Аматэрасу»все куда проще. Они не верят в мирное решение проблем, не верят и в «мелкое мародерство», которым занимаются Акацуки. Мадара полагает, что жизнь в Токио нужно начинать с чистого листа, а для этого придется вырвать, смять и выкинуть старый.